Lilly Keller setzte testamentarisch die Lilly Keller Stiftung als Erbin ihres Nachlasses ein. Dazu gehört neben ihren Werken die Liegenschaft an der Oberen Stallstrasse in Thusis mit ihrem bezaubernden, von der Künstlerin gestalteten Garten. Die im Jahr 2018 gegründete Stiftung bezweckt zum einen das Erhalten und das Fördern der Kunst von Lilly Keller. Zum anderen strebt sie gemäss dem Willen der Stifterin die Umwandlung des Wohn- und Arbeitsortes der Künstlerin in einen kulturell lebendigen, für die Öffentlichkeit und für kreative Initiativen offenen Ort an.

Die Stiftung betreibt regelmässig Öffentlichkeitsarbeit mit Präsentationen der Artists in Residence, weiteren Veranstaltungen zu Kunst und Kultur oder mit Leihgaben an Ausstellungen.